西暦2150年6月25日、人類の数少ない生存圏にして太平洋圏最大の輸送基地であるハワイがフェストゥムの大群に襲われる。
40年の時を経て彼らは人類が命を保つ術、食事という行為とその根幹を成すものを理解したのであった。
救援に駆けつけたファフナー部隊さえも同化し、攻撃させるまでに進化したフェストゥムに人類軍はなすすべもなく、新国連本部が発令した「交戦規定アルファ」により人類軍の爆撃機はフェストゥムだけでなく、基地部隊と増援部隊、そして市民諸共核で全てを焼き払った。
生存者の救助へ向かった基地司令官ナレイン・ワイズマン・ボースは一体のフェストゥムに守られた一人の少女を保護した。
少女の名はエメリー・アーモンド、ミールの欠片を持つ新たな希望であった。